Retour sur l'île Mystérieuse 2 commence par le crash de l'hélicoptère venu secourir Mina. La jeune femme survit mais se trouve à nouveau bloquée sur l'île. Or voici que, sous ses yeux, un mal inconnu s'attaque aux plantes, puis à la vie animale. Mina explore l'île pour en identifier l'origine. Elle cherche en vain dans la base du capitaine Nemo, puis dans les ruines d'une civilisation inconnue, pour comprendre enfin que c'est la pollution du monde extérieur qui menace l'île. Le seul moyen de sauver cette merveille naturelle est de remettre en service le bouclier. Mais si Mina prend cette décision, elle renonce pour toujours, comme le capitaine Nemo avant elle, à regagner la civilisation...